InDesign CC 2014になり、固定レイアウトのEPUBが書き出せるようになりましたが、縦組みで不具合があり、調べたところアドビのヘルプでも記載がありましたので検証してみました。
InDesign Help
固定レイアウト EPUB の日本語版対応について | InDesign CC 2014
- 縦中横や割り注が失われる。
- 縦組で入力した文字が 90 度回転する。
- 縦組テキストの各行末にハイフン「-」が追加される。
- 縦組テキストの脚注位置にずれが生じる。
今後のアップデートで対応する予定だそうなので、早期に対応してもらえることを期待しましょう。
不具合を検証するために、InDesignでサンプルドキュメントを作成してみました。
InDesign CC 2014のドキュメント 
固定レイアウトEPUBを書き出して、Readiumで表示しました。
アドビのヘルプの記載の通り、縦組みでの文字の向き、縦中横・割り注、行末のハイフン、注釈に不具合があります。
不具合というか、「縦組みは使えない」ということでよろしいですよね（笑）
InDesign側で文字をアウトライン化して書き出すと、画像化された書き出されますので、表示はきちんと再現されます。
Readiumでの表示
現状での対応としては、縦組みを避けるか、アウトライン化して画像として使用するかの、どちらかになるかと思われます。